基于分段偽氨基酸組成成分特征提取方法預測蛋白質(zhì)亞細胞定位

蛋白質(zhì)的亞細胞定位與蛋白質(zhì)的功能密切相關(guān),其定位預測有助于人們了解蛋白質(zhì)功能.文章提出一種分段偽氨基酸組成成分特征提取方法,采用支持向量機算法對Chou構(gòu)建的兩個蛋白質(zhì)亞細胞定位數(shù)據(jù)集(C2129,CS2423)進行了分類研究,并采用總分類精度Q3、內(nèi)容平衡精度指數(shù)Q9等參數(shù)評估預測分類系統(tǒng)性能.預測結(jié)果表明,基于分段偽氨基酸組成成分特征提取方法的預測性能,優(yōu)于基于完整蛋白質(zhì)序列的偽氨基酸組成成分特征提取方法.例如,基于分段矩描述子偽氨基酸組成成分特征提取方法,數(shù)據(jù)集C2129的Q3和Q9分別為84.7%和60.8%,比基于完整蛋白質(zhì)序列的矩描述子偽氨基酸組成成分特征提取方法分別提高1.8和2.2個百分點,且Q3比現(xiàn)有Xiao等人的方法提高了9.1個百分點.基于分段偽氨基酸組成成分特征提取方法構(gòu)成的特征向量不僅包含殘基之間的位置信息,而且還包含蛋白質(zhì)子序列之問的耦合信息,另外蛋白質(zhì)分段子序列可能和蛋白質(zhì)的功能域有一定的聯(lián)系,從而使這一方法能夠有效地預測蛋白質(zhì)亞細胞定位.

作 者： 楊會芳 程詠梅 張紹武 潘泉 YANG Hui-fang CHENG Yong-mei ZhANG Shao-wu PAN Quan   作者單位： 西北工業(yè)大學自動化學院,西安,710072  刊 名： 生物物理學報  ISTIC PKU 英文刊名： ACTA BIOPHYSICA SINICA  年，卷(期)： 2008 24(3)  分類號： O61  關(guān)鍵詞： 分段偽氨基酸組成成分   支持向量機   特征提取   亞細胞定位  

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