參數(shù)序列比對算法研究

序列比對是生物信息學(xué)中的一項重要任務(wù),通過序列比對可以發(fā)現(xiàn)生物序列中的功能、結(jié)構(gòu)和進(jìn)化的信息.序列比對結(jié)果的生物學(xué)意義與所選擇的匹配、不匹配、插入和刪除以及空隙的罰分函數(shù)密切相關(guān).現(xiàn)介紹一種參數(shù)序列比對方法,該方法把最佳比對作為權(quán)值和罰分的函數(shù),可以系統(tǒng)地得到參數(shù)的選擇對最佳比對結(jié)果的影響.然后將其應(yīng)用于RNA序列比對,分析不同的參數(shù)選擇對序列比對結(jié)果的影響.最后指出參數(shù)序列比對算法的應(yīng)用以及未來的發(fā)展方向.

作 者： 張濤濤 郭茂祖 鄒權(quán) ZHANG Tao-tao GUO Mao-zu ZOU Quan   作者單位： 哈爾濱工業(yè)大學(xué)計算機科學(xué)與技術(shù)學(xué)院,哈爾濱,150001  刊 名： 生物信息學(xué)  ISTIC 英文刊名： CHINA JOURNAL OF BIOINFORMATICS  年，卷(期)： 2008 6(2)  分類號： Q1  關(guān)鍵詞： 參數(shù)序列比對   多邊形分解   牛頓射線搜索算法   參數(shù)空間  

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